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MiRNA의 명명 규칙

MiRNA의 명명 규칙


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miRNA의 명명 규칙을 이해하려고 합니다. 명명법에 대한 Wikipedia 기사를 찾았습니다. 이를 기반으로 무엇인지 알아내려고 합니다. hsa-let-7a. 내가 이해하는 한, h는 인간을 의미하지만 나는 "미르" 또는 "미르" h 뒤에 있지만 단어가 있습니다 "허락하다" .그래서 내 질문은 hsa-let-7a가 단일 성숙한 miRNA의 이름입니까 아니면 miRNA 계열의 이름입니까(그런 것이 있는 경우)?


let-7은 miRNA 계열(let은 치명적임을 나타냄)이며, 실제로 처음 발견된 것 중 하나입니다( Caenorhabditis elegans). let-7a는 많은 종에 이종상동이 있는 많은 가족 구성원 중 하나입니다. 생물학에서는 새로운 명명법과 일치하도록 기존 이름을 변경하는 경우가 드물어 보이지만, 이것이 let-7 가족 구성원의 대부분(전부는 아님)이 표준을 따르지 않는 이유인지는 확실하지 않습니다.

편집: 우연히도, 나는 miRNA에 대한 리뷰를 읽고 있었고 위의 추측에 적어도 어느 정도 합법성을 제공해야 하는 이 유익한 발췌문을 건너왔습니다.

하엠, 김 VN. 2014. microRNA 생합성의 조절. Nat Rev Mol Cell Bio 15(8):509-524

miRNA 유전자의 명명법은 다소 일관성이 없습니다. 초기 유전 연구에서 발견된 유전자는 표현형의 이름을 따서 명명되었습니다(예: 린-4, 렛-7 그리고 lsy-6), 반면에 클로닝 또는 시퀀싱에서 발견된 대부분의 miRNA는 숫자 이름을 받았습니다(예: 린-4 다른 종의 상동체는 미르-125).


Roush S, Slack FJ. 2008. let-7 microRNA 계열. Trends Cell Biol 18(10):505-516

lethal-7(let-7) 유전자는 처음에 C. elegans에서 필수 발달 유전자로 발견되었으며 나중에 최초의 miRNA 중 하나로 발견되었습니다(그림 1). 곧이어 간단한 BLAST(기본 로컬 정렬 검색 도구) 검색을 통해 새로 출현하는 Drosophila melanogaster 및 인간 게놈의 성숙한 let-7 miRNA 서열과 정확히 일치하는 것으로 나타났습니다. 성숙한 let-7은 동물 종에 걸쳐 고도로 보존되어 있는 것으로 알려져 있습니다.

let-7 miRNA 계열은 종종 게놈에 여러 복사본으로 존재합니다(표 1). 여러 isoform을 구별하기 위해 let-7 뒤에 문자를 붙여서 서열이 약간 다른 let-7을 나타내고 끝에 숫자는 동일한 서열이 여러 게놈 위치에 존재함을 나타냅니다. 예를 들어, 인간에게는 13개의 전구체 서열(그림 4)에서 생성되는 10개의 성숙한 let-7-패밀리 서열(그림 3)이 있습니다. 3개의 개별 전구체는 성숙한 let-7a 서열(let-7a-1, let-7a-2 및 let-7a-3)을 생성하고 두 개의 서로 다른 게놈 위치의 전구체는 let-7f(let-7f-1 및 let- 7f-2) 시퀀스. 그러나 가족의 크기는 유기체마다 다를 수 있습니다. 초파리(파리)는 let-7이 하나만 있는 반면 제브라피쉬 Danio rerio는 게놈 전체에 걸쳐 19개 유전자좌에 11개의 성숙한 서열을 가지고 있습니다…


let-7의 초기 특성화:

Reinhart BJ, Slack FJ, Basson M, Pasquinelli AE, Bettinger JC, Rougvie AE, Horvitz HR, Ruvkun G. 2000. 21-뉴클레오티드 렛-7 RNA는 발달 시기를 조절합니다. Caenorhabditis elegans. 자연 403:901-906


canadianer의 답변 외에 miRNA 명명법에 대한 몇 가지 일반적인 측면:

  1. 미르pre-miRNA를 의미하는 반면미르성숙한 형태를 의미
  2. mir-x-ymir-x-z예를 들어미르-1-1그리고미르-1-2동일한 성숙한 miRNA(즉,미르-1). 이러한 상이한 전구체는 다르게 조절될 수 있다.
  3. 전구체 머리핀의 5' 팔에서 생성된 성숙한 miRNA는 접미사를 갖습니다.-5p; 마찬가지로 3' 암의 제품에는 접미사가 있습니다.-3p. 이전에는 두 제품 중 덜 표현된/풍부한(또는 표현되지 않은) 제품이 별표로 지정되었습니다. 예를 들어미르-124*. 이 규칙은 이제 더 이상 사용되지 않습니다. 모든 miRNA는 기본적으로-5p/3p접미사. 이것은 특히 다음과 같은 경우에 유용합니다.렛-7성숙한 miRNA에서 전구체를 구별하는 대문자 표기가 없기 때문입니다. 예를 들어, 성숙한 형태는 항상 다음과 같이 표시됩니다.hsa-let-7b-5p비록-3p절대 표현되지 않습니다.
  4. "패밀리"는 동일한 시드 서열(보통 2개NS-9NS 잔여 물). 때로는 팔 중 하나가 다른 전구체 사이에서 다른 것보다 덜 보존되어 있음을 관찰할 수 있습니다. 예를 들어렛-7NS-3p보존된 시드 시퀀스가 ​​없지만 모든-5p동일한 시드 시퀀스를 갖습니다.

그리고 다른 답변에서 언급했듯이 이름은렛-7역사적 이유 때문에 그냥 붙어 있습니다.


이름이 무엇입니까?

이전 게시물에서 간략하게 언급했듯이 miRBase 17에는 miRNA 명명 체계에 두 가지 개념적 변경 사항이 포함되어 있으며 이에 대한 자세한 내용과 설명이 필요합니다.

miRNA의 이름에는 사람이 읽을 수 있는 정보가 포함되어 있습니다. 이 게시물을 중간에 읽지 않으면 이것이 좋은 일이라고 생각할 것입니다. 물론 우리가 한계를 인식하는 한 그렇습니다. 끝까지 기다리면 이름이 문제를 일으킬 수 있다는 것을 알게 되길 바랍니다.

예를 들어 hsa-mir-20b가 있습니다. “hsa”은 그것이 인간 miRNA라고 알려줍니다. 󈬄″에 따르면 초기에 발견된 것은 20번째 가족뿐이라고 합니다. 󈬄b”은 우리가 추측할 수 있는 다른 miRNA와 관련이 있으며 아마도 hsa-mir-20a라고 불릴 것이라고 말합니다. 더 나아가 “mir”의 대문자 사용(부족)은 우리가 miRNA 전구체에 대해 이야기하고 있음을 알려줍니다. 또는 게놈 유전자좌, 또는 1차 전사체, 또는 전구체를 포함하는 확장된 헤어핀일 수 있습니다. 그래서 이미 덜 유용합니다.

hsa-mir-20b에는 hsa-miR-20b 및 hsa-miR-20b*라는 두 개의 완성된 제품이 있습니다(아래에서 볼 수 있듯이 현재 — —’’’’이게 변경될 예정임). “miR”은 우리가 성숙한 시퀀스에 대해 이야기하고 있다고 말합니다. 이 경우 miR-20b는 mir-20b 머리핀의 5′ 암에서 발생하고 miR-20b*는 3′ 암에서 발생합니다. “*”은 miR-20b*가 “minor” 제품으로 간주된다고 알려줍니다. 이는 miR-20b*가 miR-20b보다 낮은 농도로 세포에서 발견된다는 것을 의미합니다. miR-20b*가 기능하지 않는 것으로 종종 추론되며, miR* 서열이 일반적으로 miRNA 생합성의 대부분의 사진에서 마술처럼 사라지는 반면 지배적인 팔은 RISC 복합체에 마술처럼 통합된다는 사실을 눈치채셨을 것입니다.

그러나 잠시만요. 이제 많은 논문에서 miR* 서열이 기능적일 수 있다고 말하고 있습니다(예: Yang et al. 2011). 아마도 다른 Agonaute 단백질(지난 몇 년 동안 Czech 및 Hannon, 2011). 그리고 물론, 한 머리핀의 miR* 서열은 다른 머리핀의 우세한 miR 서열보다 훨씬 더 높은 수준으로 표현될 수 있습니다. 아마도 지배적인 제품을 만드는 팔은 다른 조직, 단계 및 종에서 변할 수 있습니다(G-J et al. 2011). 누군가가 더 깊은 시퀀싱 데이터 세트를 생성할 때마다 miR 및 miR* 시퀀스의 이름을 바꿔야 합니까? 모든 것을 제한하기 위해 “*” 문자는 데이터베이스 검색 등에 문제를 일으킵니다.

따라서 우리는 -5p/-3p 명명법에 찬성하여 miR/miR* 명명법을 폐기할 예정입니다(후자는 거의 동일한 발현의 성숙한 제품에 병렬로 사용되었으며 향후 모든 시퀀스에 적용될 예정입니다). 각 부문에서 성숙한 제품의 표현을 보여주는 동반자 데이터를 사용할 수 있으므로 이러한 전환을 단계적으로 수행할 것입니다. miRBase 17에서는 모든 초파리 멜라노가스터 성숙한 시퀀스는 -5p/-3p로 이름이 바뀌고 이전에 누락된 많은 두 번째 성숙한 제품이 추가되었습니다. 이용 가능한 딥 시퀀싱 데이터는 잠재적인 성숙 제품 중 어느 것이 우세한지를 분명히 합니다. 다른 종들도 적절한 시기에 이를 따를 것입니다.

miRBase 17의 두 번째 변화는 동일한 유전자좌에서 반대 방향으로 전사되는 소수의 miRNA 서열 쌍, 즉 센스/안티센스 쌍에 관한 것입니다. 예를 들어, dme-mir-307 유전자좌는 양방향으로 전사되는 것으로 나타났으며 두 전사체는 성숙한 miRNA를 생성하기 위해 처리됩니다. 이 miRNA는 이전에 miRBase에서 dme-mir-307 및 dme-mir-307-로 명명되었습니다. -as는 관련 miRNA 계열을 나타내는 데 사용되는 접미사와 유사하기 때문에 혼동됩니다. 센스와 안티센스의 분류는 자의적입니다. 문제를 더 혼동시키기 위해 -as 및 -s는 초기 miRNA 문헌에서 헤어핀 전구체의 5′ 및 3′ 암에서 생산된 성숙한 제품을 나타내는 데 사용되었습니다. miRBase 17부터 -as 명명법은 더 이상 사용되지 않습니다. 센스 및 안티센스 miRNA는 다른 모든 서열과 동일한 방식으로 독립적으로 명명됩니다. 서열이 유사하면 a, b 접미사를 얻고(예: dme-mir-307a 및 dme-mir-307b) 그렇지 않으면 충분히 유사한 것으로 간주되면 다른 번호를 얻습니다(예: rno-mir-151 및 rno-mir-3586).

이러한 변화의 결합된 결과는 miRNA의 이름이 다음을 포함한다는 것입니다. 더 적은 이전보다 정보. 이것은 역행 단계처럼 보일 수 있습니다. 그러나 이름에 정보를 인코딩하는 문제는 사람들이 그것을 사용하고 싶은 유혹을 받는다는 것입니다. MicroRNA 이름은 종종 실용적인 절충안이며, 예를 들어 가족 관계 및 발현 수준과 관련하여 상대적으로 복잡한 의미로 과부하되었습니다. 이름은 유용해야 하지만 예를 들어 시퀀스 관계나 표현의 올바른 분석 대신 사용되어서는 안 됩니다. 따라서 몇 가지 간단한 개념을 염두에 두면 miRNA 생활이 더 쉬워질 것을 제안합니다.

1. 명시적이어야 합니다. 성숙한 miR-20b 시퀀스를 언급하는 경우 miR-20b의 대문자에 의존하여 그렇게 말할 수 있습니다. 그러나 '성숙한 miR-20b 염기서열'이라고 하는 것이 훨씬 낫습니다. 더 좋은 것은 이름 이름과 함께 시퀀스가 ​​형식적으로 안정적이지 않지만 논문에서 사용한 특정 시퀀스를 인용하면 엔터티를 영원히 추적할 수 있다는 것을 보여줍니다.

2. 이름을 사용하여 복잡한 의미를 인코딩하거나 파생시키지 마십시오. 시퀀스 관계에 관심이 있다면 시퀀스 분석을 수행해야 합니다. 대체 성숙한 miRNA의 발현 수준에 관심이 있다면 발현 데이터를 살펴보십시오. 이름에서 miRNA 서열 관계에 대한 모든 정보를 파생시키면 많은 것을 놓치게 됩니다. 상대 표현에 대해 말할 때 이름에 의존하면 모든 희망이 사라집니다.


추상적 인

microRNA(miRNA)는 세포 기능을 미세 조정하기 위해 단백질 번역을 감소시키는 작은 조절 RNA 부류입니다. 최근 miRNA가 엑소좀과 마이크로입자를 통해 기증자 세포에서 수용자 세포로 전달되는 것으로 밝혀졌습니다. 이 미세소포는 혈액, 소변, 타액 및 기타 액체 구획에서 발견됩니다. miRNA는 손상되지 않은 기능으로 전달되며 측분비 방식으로 수용자 세포에서 단백질 발현을 조절하는 것으로 반복적으로 나타났습니다. 따라서 수송된 miRNA는 새로운 종류의 세포 간 조절 종입니다. 현재 심혈관계 및 질병에서 엑소좀 miRNA 전달이 보고되고 있습니다. 혈관에서 이 전달은 죽상동맥경화증과 혈관신생을 조절합니다. 심장에서는 심부전, 심근경색증, 허혈성 전제 조건에 대한 반응을 조절합니다. 이 리뷰는 세포외 소포 miRNA 전달에 대한 현재의 이해를 설명하고 miR-126, miR-146a, miR-143 및 기타 miRNA가 내피 세포, 줄기 세포, 섬유아세포 및 기타에서 근세포, 내피 세포 및 기타 세포로 셔틀되는 역할을 보여줍니다. 평활근 세포는 세포 변화를 활성화하고 질병 표현형을 조절합니다.


소개

척추동물에서 난포 발달과 난모세포 성숙은 시상하부-뇌하수체-생식선 축에서 유래하는 호르몬의 조정을 필요로 하는 복잡한 사건입니다. 시상하부는 성선 자극 호르몬 방출 호르몬(GnRH)을 생성하여 뇌하수체에서 성선 자극 호르몬, 여포 자극 호르몬(FSH) 및 황체 형성 호르몬(LH)의 분비를 자극합니다. 어류에서 FSH는 난포 세포에서 에스트라디올 생산을 유도하여 난포 발달을 촉진하는 데 중요한 역할을 하고 LH는 난포 세포에 작용하여 성숙 유도 호르몬으로 알려진 17α, 20β-디하이드록시 프로게스테론의 생산을 유도합니다. MIH) (1, 2). 그런 다음 MIH는 난모세포의 표면에서 발현되는 막 프로게스틴 수용체(mPR), 특히 mPRα에 결합합니다(3, 4). 이것은 차례로 성숙 촉진 인자(MPF)를 활성화시켜 감수 분열 정지로부터 난모세포의 방출과 난모세포의 성숙을 유도합니다(5, 6). 또한, 난포 세포 및/또는 난모세포 내에서 생성된 많은 신호 분자도 국소적으로 작용하여 난포 발달 및 난모세포 성숙을 조절합니다(1, 2).

성숙 과정에 참여하기 전에 제브라피쉬 모낭은 세 단계를 거쳐 발달합니다. I기 또는 1차 성장기에서 난모세포가 성장하기 시작하고 난포가 형성되기 시작합니다. II기는 피질의 폐포 또는 난자 내에 피질의 폐포가 축적되는 난황 전 단계로 알려져 있습니다. III 단계는 난황 생성을 특징으로 합니다(7). 이 단계에서 난포는 크기가 커질 뿐만 아니라 성숙 능력도 발달합니다. 작은 초기 난황형성 난포는 인간 융모막 성선 자극 호르몬(hCG, LH의 유사체로 사용됨) 또는 MIH로 치료할 때 성숙하지 못하는 것으로 보고되었습니다. 대조적으로, 난황 생성 중기에서 후기의 더 큰 난포는 이러한 호르몬에 의해 유도되어 성숙기에 들어갈 수 있습니다(7, 8). 따라서 중기 및 중기 난황 난포는 각각 III-1기(또는 IIIa) 및 III-2(또는 IIIb)기로 기술됩니다(8, 9). 변형 성장 인자-β(TGF-β) 슈퍼패밀리의 구성원과 같은 모낭 내에서 생성된 신호 분자는 성숙 능력을 조절하는 것으로 나타났습니다(10�).

MicroRNA(miRNA)는 길이가 약 18縦 뉴클레오티드(nt)인 작은 단일 가닥 비암호화 RNA의 풍부한 부류를 구성합니다(13�). 일반적으로 miRNA는 먼저 인트론 또는 유전자간 DNA에서 1차 miRNA로 전사되고 전구체 miRNA(pre-miRNA)로 처리된 다음 세포질로 내보내집니다. pre-miRNA는 헤어핀 구조를 가지고 있으며 성숙한 miRNA 이중가닥으로 추가 처리되어 단일 가닥의 성숙한 miRNA로 풀립니다. 대부분의 경우 성숙한 miRNA는 표적 mRNA의 3′ 비번역 영역과 상호작용하여 안정성을 감소시키고 번역을 억제합니다(15�). 유전자 발현을 조절함으로써 miRNA는 번식을 포함하여 과다한 발달 및 생리학적 사건에 관여합니다(18�). miRNA는 물고기를 포함한 많은 종의 난소에서 검출되었습니다(21�). miRNA는 포유동물에서 과립막 세포 증식(25) 및 세포자멸사(26, 27), 에스트라디올 생산(28, 29), 프로게스테론(30) 및 LH/CG 수용체의 발현(30)과 같은 난소 기능을 조절하는 것으로 보고되었습니다. 31). 최근 연구에 따르면 miRNA는 어류 번식의 중요한 조절자이기도 합니다(32). 그러나, 어포 발달 및 난모세포 성숙 동안 miRNA의 기능은 여전히 ​​크게 알려져 있지 않다.

우리는 이전에 zebrafish follicular 세포에서 miR-17a와 miR-430b를 검출했으며 그들의 발현 수준이 hCG에 의해 조절된다는 것을 발견했습니다(33). 이는 miRNA가 난모세포 성숙에 역할을 할 수 있음을 시사합니다. miRNA가 난포 발달 및 난모세포 성숙, 특히 성숙 능력 획득에 관여하는지 여부를 추가로 조사하기 위해 차세대 RNA 시퀀싱(RNA-seq)을 사용하여 IIIa기와 IIIb기 난포 사이의 난포 세포에서 miRNA 발현 프로필을 비교했습니다. 우리는 유의하게 조절된 miRNA를 확인하고, 새로운 miRNA를 예측하고, 유의하게 조절된 miRNA 중 4개의 발현을 검증했습니다. 마지막으로, 차등적으로 발현되는 miRNA의 예측된 표적 유전자의 유전자 농축 및 경로 분석을 통해 우리는 난포 발달 및 난모세포 성숙 동안 중요할 수 있는 주요 경로를 확인했습니다.


결과

웹 인터페이스

miRSel은 데이터베이스에 저장된 miRNA-유전자 쌍에 대한 정보를 검색할 수 있는 웹 인터페이스를 제공합니다(Figure ​ (Figure2). 2 ). 인터페이스는 쿼리 결과 세트를 제한하기 위해 다른 옵션을 AND 결합할 수 있습니다.

데이터베이스에 대한 웹 기반 그래픽 사용자 인터페이스. miRSel은 miRNA, 타겟, 유전자 온톨로지 및 PubMed 키워드 쿼리를 포함한 다양한 옵션을 통해 쿼리할 수 있습니다. 여러 옵션을 선택하면 결과가 AND 결합됩니다. 마이닝 결과의 회수와 정밀도를 제어하기 위해 여러 필터가 제공됩니다. 자세한 내용은 텍스트를 참조하십시오.

(i) 유전자는 유전자 이름, 유전자 기호, 단백질 이름 또는 데이터베이스 식별자를 기반으로 선택할 수 있습니다.

(ii) miRNA는 miRNA 식별자 및 miRNA 유전자 패밀리를 기반으로 선택될 수 있습니다.

(iii) PubMed 인터페이스는 miRSel 검색을 위한 임의의 PubMed 키워드 쿼리를 가능하게 하며, miRNA-유전자 쌍은 PubMed 쿼리와 일치하는 PubMed 초록에서 발견되는 경우에만 보고됩니다.

(iv) 유전자 온톨로지(GO) 옵션은 보고된 miRNA-유전자 쌍을 선택된 GO 용어와 관련된 유전자로 제한합니다[42].

추가 필터 옵션은 구현 섹션에 설명되어 있습니다. Figure 2 2는 질의 마스크를 나타내고 Figure 3 3은 질의 절차를 개략적으로 나타낸다. 기본 쿼리 결과로 주석이 달린 miRNA-유전자 쌍의 테이블이 사용자에게 제공됩니다. 이 표는 쌍이 수동으로 선별된 데이터베이스(예: TarBase, miR2Disease) 중 하나에 포함되어 있는지 또는 miRNA-표적 예측 알고리즘에 의해 예측되었는지 여부를 보여줍니다. 표 보기 외에도 Graphviz 소프트웨어를 사용하여 miRNA-유전자 쌍을 그래픽으로 분석할 수 있습니다[43](그림 ​(그림3). 3). 두 표현 모두 발견된 엔티티의 기본 데이터베이스 페이지(예: miRBase, Entrez Gene) 및 엔티티 이름이 발견된 PubMed 초록에 대한 링크를 제공합니다.

miRNA ID로 miRSel 검색의 도식적 워크플로. 전체 또는 부분 검색 키(예: miRNA)를 입력한 후(A) 사용자는 일치하는 miRNA(B)의 하위 집합을 선택할 수 있습니다. 그런 다음 데이터베이스에 저장된 해당 miRNA 표적 동시 발생이 표 형식(C)으로 표시됩니다. 이 표를 사용하면 기본 데이터베이스의 miRNA 또는 유전자 페이지(예: D = miRBase, E = Entrez Gene, 특정 동시 발생(F)를 참조하는 PubMed 초록 또는 쌍이 통합된 데이터베이스 소스(G ).또한, 각 miRNA-표적 쌍과 관련된 세부사항. 문헌에서 주어진 miRNA 또는 단백질에 대한 모든 가능한 이름과 다른 데이터베이스 및 서열 예측의 비교 결과를 표(H)에서 표시할 수 있습니다. 마지막으로 miRNA 및 유전자 페이지(노드) 또는 PubMed 초록(가장자리)으로의 탐색을 가능하게 하는 miRNA 표적 상호작용 그래프(I)를 표시할 수 있습니다.

평가

miRSel은 출판 초록에서 유전자, 단백질 및 miRNA의 유효한 식별자의 발생을 찾는 것을 기반으로 합니다. 여기에서 유효한 miRNA, 유전자 및 단백질 발생뿐만 아니라 유효한 miRNA-유전자 쌍 및 상세한 miRNA-유전자 쌍 연관성을 찾는 것과 관련하여 miRSel의 성능에 대해 보고합니다.

다음 텍스트에서 miRNA 검출의 신뢰성을 추정합니다. 유전자 및 단백질 이름 검출 성능은 이미 BioCreAtIvE 대회에서 평가되었습니다[33].

평가를 위해 miRNA 검출을 위한 정규식과 일치하거나 'microRNA', 'miRNA' 'mir', 'miR' 및 'MIR'과 같은 키워드를 포함하는 PubMed 초록을 선택했습니다. 구현 섹션에 설명된 동의어 목록의 단백질 이름을 포함하려면 miRNA 식별자 또는 관련 키워드를 포함하는 문장이 추가로 필요했습니다. 위의 요구 사항을 충족하는 89개의 문장을 포함하는 50개의 PubMed 초록이 무작위로 선택되었습니다. miRSel은 재현율(즉, 참 양성(TP)의 비율 및 모든 참 발생), 정밀도(즉, TP의 비율 및 모든 예측) 및 f-측정 측면에서 다양한 수동 분석(아래 참조)과 비교되었습니다.

miRNA 식별자 발생에 대한 평가는 표 2(a)에 나와 있습니다. 정규식 기반 일치 덕분에 텍스트에서 miRNA 식별자의 감지는 매우 안정적입니다.

표 2

miRNA 및 miRNA-유전자 결합의 검출 평가.

성능 평가초록문장케이스상기하다정도f-측정
(a) miRNA 발생5089790.961.000.98
(b) miRNA-유전자 연합50891810.900.650.76
(c) b와 같이 명확화 후50891810.880.780.83
(d) b와 같이 키워드와 함께20291030.890.700.78
(e) b와 같은 연관 유형20291030.870.620.73

miRNA-유전자 연관성의 검출을 위해 유전자와 miRNA가 miRSel에서 올바르게 검출되었는지, 그리고 둘 사이의 연관성이 암시되는지를 수동으로 평가했습니다. 표 2(b)에서 볼 수 있듯이 miRSel의 많은 쌍은 유효한 연관을 나타냅니다. miRNA-유전자 연관의 검출은 추가 조직 및 세포주 사전을 사용하여 유전자 식별자에 대한 모호성을 자동으로 해결함으로써 더욱 개선되었습니다(표 2(c)).

일반 miRNA-유전자 연관의 검출 외에도 miRSel은 miRNA와 유전자 간의 5가지 유형의 연관에 자동으로 주석을 추가합니다(물리적 표적, 공동 발현, 억제, 유도 및 절단에 대한 자세한 내용은 구현 섹션 참조). miRSel 1301(65%)에 있는 1973개의 단일 문장 인간 miRNA 유전자 쌍은 5가지 유형 중 하나로 분류되었습니다.

위에서 설명한 테스트 세트에서 연관 키워드를 포함하는 문장의 하위 집합도 수동으로 평가되었습니다. miRNA-유전자 쌍이 있는 문장에 연관 키워드가 있는 경우 연관 검출의 정확도가 약간 증가합니다(Table ​ (Table 2, 2, 비교 b 및 d). 진정한 miRNA-유전자 연관이 검출되면 연관 키워드가 설명하는 89%의 경우에서 연관 유형이 정확합니다(표 ​(표 2, 2, d와 e 비교).

MiRSel 쿼리 예: p53 단백질 및 hsa-miR-21

TP53 유전자(Entrez Gene: 7157)는 가장 중요한 종양 억제 단백질 중 하나인 p53 단백질을 암호화합니다. TarBase 및 miRecords는 이 유전자를 표적으로 하는 miRNA를 보고하지 않습니다. 우리는 79개의 PubMed 초록에서 이 표적 유전자와 함께 발생하는 60개의 다른 인간 miRNA를 추출했으며 그 중 일부(예: hsa-let-7a, hsa-miR-30b, hsa-miR-183)는 마이크로어레이 기반 결과와 일치합니다. Shalgi et al. [44].

hsa-miR-21은 miR2Disease에서 가장 빈번한 miRNA이며, 이 miRNA와 질병의 연관성이 59개 문서화되어 있습니다. miRSel에는 123개의 PubMed 초록에서 추출한 이 miRNA와 함께 발생하는 181개의 서로 다른 유전자가 포함되어 있습니다. miRSel 결과가 더 신뢰할 수 있는 단일 문장 쌍으로 제한되는 경우 96개의 쌍이 검색됩니다.


MiRNA 레지스트리의 목적

miRNA 레지스트리의 주요 목적은 두 가지입니다. 첫 번째는 발견을 발표하기 전에 고유한 miRNA에 고유한 이름을 할당하는 것입니다. 명명을 위한 miRNA 서열의 제출을 ​​용이하게 하기 위해 웹 인터페이스가 개발되었습니다. 유전자 이름이 우발적으로 중복되는 것을 방지하고 할당의 '사전 예약'을 최소화하기 위해 레지스트리는 서열을 설명하는 논문이 출판을 위해 승인된 후에만 이름을 할당합니다. 저자는 피어 리뷰를 위해 저널에 논문을 처음 제출할 때 임시 이름을 사용하는 것이 좋습니다. 수락 시 최종 이름이 논의되고 교신 저자와 합의됩니다. miRNA 레지스트리는 출판 전 데이터에 대한 완전한 기밀을 유지합니다.

miRNA에는 서열 유사성을 기반으로 숫자 식별자가 부여됩니다. 작성 당시 마지막으로 할당된 이름은 miR-318입니다. 초파리 멜라노가스터 . 이전에 확인된 서열과 유사하지 않은 다음 miRNA는 miR-319라는 이름을 받게 됩니다. 다른 유기체의 상동체가 동일한 이름을 받는 것이 바람직합니다. 이름은 이전에 확인된 miRNA에 대한 절제된 ~22 nt 서열의 유사성을 기반으로 합니다. 동일한 성숙 서열에는 동일한 이름이 지정됩니다. 지정된 유기체의 별도 게놈 유전자좌에서 유래한 경우 다음과 같은 번호 접미사가 지정됩니다. 미르-6-1 그리고 미르-6-2 ~에서 D.멜라노가스터 ( 4 ). 하나 또는 두 개의 염기 변화가 있는 시퀀스에는 miR-181a 및 miR-181b 형식의 접미사가 할당됩니다( 17 ). 염기서열 차이가 더 많은 상동서열은 1차 전사체의 머리핀 부분의 염기서열 유사성으로 제시할 수 있으며, 이러한 경우에 대해 교신저자와 이름을 협의한다. 일부 miRNA 헤어핀 전구체는 각 팔에서 하나씩 2개의 절단된 miRNA를 생성합니다. 이러한 시퀀스를 설명하기 위해 다른 명명 규칙이 사용되었습니다. 클로닝 연구를 통해 연구자들이 전구체의 어느 부분이 주로 발현되는 miRNA를 일으키는지를 결정할 수 있는 경우, miR-56 및 miR-56*에서와 같이 덜 우세한 형태를 나타내기 위해 별표를 사용했습니다. 씨엘레간스 ( 2 ). 이전 보고서에서는 또한 예를 들어 miR-142-s(5' arm) 및 miR-142-as(3' arm)와 같이 헤어핀 전구체의 반대쪽 팔에서 miRNA를 표시했습니다( 5 ). 현재 의견은 miR-142-5p 및 miR-142-3p 형식의 이름을 사용하여 각각 5' 및 3' 암에서 miRNA를 지정하는 것을 선호합니다. 데이터가 충분할 때까지 어느 것이 주로 발현되는지 확인합니다(T. Tuschl 및 D. . Bartel, 개인 커뮤니케이션). 의미를 부여하기 위해 이름의 대문자 사용에 의존해서는 안 되지만 역사적으로, 미르-16 miR-16은 절제된 ~22 nt 서열을 의미하는 반면, 유전자(또한 1차 전사체의 예측된 스템-루프 부분)를 지정하는 데 사용되었습니다. 식물 유전자 이름은 다음과 같은 약간 다른 규칙을 따릅니다. 미르156 ( 10 ).

miRNA 레지스트리의 두 번째 목표는 공개된 모든 miRNA 서열에 대한 포괄적이고 검색 가능한 데이터베이스를 제공하는 것입니다. 이를 위해 제출된 시퀀스는 출판 시 데이터베이스의 공개 섹션으로 이동됩니다. 이 웹사이트에는 miRNA 항목, 이름, 키워드 및 출판물 검색의 탐색 가능한 목록이 포함되어 있으며 사용자가 예측된 헤어핀 및 성숙한 miRNA의 데이터베이스에 대해 서열을 검색할 수 있습니다. 각 데이터베이스 항목은 보고된 절제된 서열의 경계와 함께 miRNA를 포함하는 예측된 줄기 루프를 나타냅니다. miRNA의 발견을 설명하는 간행물이 주요 참고문헌으로 인용됩니다. 게놈 위치, 상동 서열 및 가능한 표적에 대한 간략한 설명이 제공되며 추가 정보를 위한 문헌 참조 링크가 제공됩니다. 뉴클레오티드 데이터베이스, 모델 유기체 데이터베이스 및 RNA 패밀리 데이터베이스에 대한 교차 링크가 제공됩니다. Hairpin 염기쌍 구조는 ViennaRNA 패키지의 RNAfold 프로그램에 의해 예측된 대로 묘사됩니다(26). 일반적인 입력 페이지는 그림 1에 나와 있습니다.

miRNA 레지스트리의 장기적인 큐레이션에 대한 약속은 새로운 서열 데이터와 주석의 신속한 보급을 보장합니다. 각 데이터베이스 항목은 miRNA 유전자 이름과 함께 안정적인 등록 번호로 식별됩니다. 이를 통해 더 많은 데이터를 사용할 수 있게 되면 유전자 이름을 합리화할 수 있으며 초기에 게시된 이름 및 설명에서 변경 사항을 추적하기 위한 정보를 유지할 수 있습니다. 작성 당시 데이터베이스에는 게시된 miRNA 유전자좌만 포함되어 있지만 miRNA 주석 지침을 통해 검증된 miRNA 서열의 상동체를 컴퓨터로 식별할 수 있습니다( 24 ). 그러한 시퀀스가 ​​우리와 다른 사람들에 의해 큐레이팅됨에 따라 데이터베이스의 크기는 크게 증가할 가능성이 있습니다. miRNA의 생합성에 대한 더 많은 정보가 제공됨에 따라, 우리는 절단된 성숙한 miRNA 뿐만 아니라 1차 트랜시프트 및 헤어핀 전구체에 대한 서열 정보를 큐레이트하는 것이 바람직할 것으로 예측합니다. Rfam 데이터베이스(27)와의 긴밀한 통합은 관련 miRNA 서열을 패밀리로 분류하는 것을 용이하게 합니다.


16.5 분지학

Cladistics(그리스어 κλάδος, kládos, "가지"에서 유래)는 유기체가 그룹의 가장 최근의 공통 조상으로 추적될 수 있고 더 먼 조상에는 존재하지 않는 공유된 파생 특성을 기반으로 분류되는 생물학적 분류에 대한 접근 방식입니다. 따라서 그룹의 구성원은 공통의 역사를 공유하고 밀접하게 관련된 것으로 간주됩니다.

분지학적 분석에 사용된 원래의 방법과 분류학 학파는 독일 곤충학자인 Willi Hennig의 작업에서 파생되었으며, 그는 이를 계통 발생 체계(또한 그의 1966년 책 제목)라고 불렀습니다. "분지학" 및 "분지군"이라는 용어가 대중화되었습니다. 다른 연구자에 의해. 원래 의미의 분지학은 계통 발생 분석에 사용되는 특정 방법 세트를 말하지만, 지금은 전체 분야를 언급하는 데 사용되기도 합니다.

Hennig가 만든 다음 용어는 유기체 그룹 간에 공유되거나 구별되는 특성 상태를 식별하는 데 사용됩니다.

NS 다형성 ("가까운 형태") 또는 조상 상태는 분류군이 조상으로부터 유지한 특성 상태입니다. 서로 중첩되지 않은 두 개 이상의 분류군이 다형성을 공유하는 경우, 이는 symplesiomorphy(syn-, "함께"에서)입니다. Symplesiomorphies는 해당 특성 상태를 나타내는 분류군이 반드시 밀접하게 관련되어 있음을 의미하지는 않습니다. 예를 들어, 파충류는 전통적으로 (무엇보다도) 냉혈 동물(즉, 일정하게 높은 체온을 유지하지 않음)이 특징인 반면, 새는 온혈 동물입니다. 냉혈동물은 전통적 파충류와 새의 공통조상으로부터 물려받은 다형성이고 따라서 거북이, 뱀, 악어(특히)의 symplesiomorphy이기 때문에 거북이, 뱀, 악어가 조류.

NS 변성 ("별도의 형태") 또는 파생된 상태는 혁신입니다. 따라서 분기군을 진단하거나 계통발생 명명법에서 분기군 이름을 정의하는 데 사용할 수 있습니다. 개별 분류군(주어진 계통 발생 분석에서 단일 말단으로 표시되는 단일 종 또는 그룹)에서 파생된 특징을 자동형(auto-, "self"에서 유래)이라고 합니다. Autapomorphies는 그룹 간의 관계에 대해 아무 것도 표현하지 않습니다. clades는 synapomorphies(syn-, "함께")에 의해 식별(또는 정의)됩니다. 예를 들어, 다음과 같은 숫자의 소유 호모 사피엔스 척추동물 내의 시나포모피이다. 네발동물은 첫 번째 척추동물로 구성된 것으로 분류할 수 있으며, 이러한 손가락은 다음과 같은 손가락입니다. 호모 사피엔스 이 척추동물의 모든 후손과 함께(아형성 기반 계통 발생 정의). 중요하게도, 발가락이 없는 뱀과 다른 네발동물은 그럼에도 불구하고 네발동물입니다. 양막 알과 이갑류 두개골과 같은 다른 문자는 그들이 우리와 상동인 손가락을 소유한 조상의 후손임을 나타냅니다.

NS 캐릭터 상태 두 개 이상의 유기체가 공유하지만 유기체 중 하나로 이어지는 계통의 이후 조상 또는 공통 조상에는 없는 경우 동형 또는 "동형의 사례"입니다. 따라서 수렴 또는 역전으로 진화한 것으로 추론된다. 포유류와 조류 모두 높은 일정한 체온을 유지할 수 있습니다(즉, 온혈 동물). 그러나 그들의 중요한 특징을 설명하는 승인된 분지도는 그들의 공통 조상이 이러한 특성 상태가 없는 그룹에 속한다는 것을 나타내므로 상태는 두 분지에서 독립적으로 진화했음에 틀림없습니다. 온혈동물은 포유류(또는 더 큰 계통군)와 새(또는 더 큰 계통군)의 계통 형태가 별도로 있지만 이 두 계통을 모두 포함하는 그룹의 계통 형태는 아닙니다. Hennig의 보조 원리는 공유된 특성 상태가 다른 증거의 가중치에 의해 모순되지 않는 한 그룹화의 증거로 간주되어야 하므로 그룹 구성원 간의 일부 기능의 동형은 해당 그룹에 대한 계통 발생 가설이 확립된 후에만 추론될 수 있다고 말합니다.

plesiomorphy 및 apomorphy라는 용어는 상대적입니다. 적용은 트리 내 그룹의 위치에 따라 다릅니다. 예를 들어, 네발동물이 분기군을 형성하는지 여부를 결정하려고 할 때 중요한 질문은 네 개의 팔다리가 있는 것이 네발동물에 포함된 가장 오래된 분류군의 공통어인지 여부입니다. , 반면에 다른 모든 척추동물은 그렇지 않거나 적어도 상동적이지 않습니까? 대조적으로, 새와 같은 네발동물에 속하는 그룹의 경우 사지가 4개인 것은 다형성입니다. 이 두 용어를 사용하면 상동성에 대한 논의에서 더 높은 정밀도를 얻을 수 있으며, 특히 서로 다른 상동 기능 간의 계층적 관계를 명확하게 표현할 수 있습니다.

특성 상태가 실제로 동일한지 여부를 결정하기 어려울 수 있으며 따라서 단일계통 그룹을 식별할 수 있는 계통형으로 분류될 수 있는지, 또는 동일한 것으로 나타나서 이러한 유형을 식별할 수 없는 상동형인지 여부를 결정하기 어려울 수 있습니다. 그룹. 순환 추론의 위험이 있습니다. 계통 발생 나무의 모양에 대한 가정은 특성 상태에 대한 결정을 정당화하는 데 사용되며, 이는 나무 모양에 대한 증거로 사용됩니다. 계통 발생학은 이러한 질문을 결정하기 위해 다양한 형태의 간결함을 사용하여 도달한 결론은 종종 데이터 세트와 방법에 따라 달라집니다. 이것이 경험과학의 본성이며, 이러한 이유로 대부분의 분지학자들은 분지도를 관계가설이라고 부른다. 다양한 종류의 문자에 의해 뒷받침되는 분지도는 제한된 증거에 기초한 분류보다 더 강력한 것으로 간주됩니다.

20세기 후반부터 분지학이 표현학을 대체했습니다. 페네틱스(Phenetics)는 plesiomorphies(공유된 조상 형질)와 apomorphies(파생 형질)를 구별하지 않고 전반적인 유사성의 척도를 통해 유기체의 관계를 결정하려는 시도였습니다.

monophyletic 그룹은 공통 조상의 모든 후손으로 구성된 분기군을 형성하는 유기체 그룹입니다. Monophyletic 그룹은 일반적으로 clade의 유기체를 다른 유기체와 구별하는 공유 파생 특성(synapomorphies)을 특징으로 합니다. 단일 계통 그룹의 구성원 배열을 단일 계통이라고합니다.

그룹의 마지막 공통 조상과 소수(일반적으로 한 두 개)의 단일 계통 하위 그룹을 제외한 해당 조상의 모든 후손으로 구성된 그룹은 측계통입니다. 그룹은 제외된 하위 그룹과 관련하여 측계통이라고 합니다. 측계통 그룹의 구성원 배열을 측계통이라고 합니다.

다계통("많은 인종"에 대한 그리스어) 그룹은 함께 그룹화되었지만 직접적인 공통 조상을 공유하지 않는 유기체 또는 기타 진화하는 요소의 집합입니다. 이 용어는 유사해 보이지만 공통 조상으로부터 유전되지 않은 특성을 공유하는 그룹에 종종 적용됩니다. 이러한 특성을 상동성이라고 하며, 상동성의 발달과 현상을 수렴 진화라고 합니다. 다계통 그룹의 구성원 배열을 다계통이라고 합니다.

cladogram(그리스어 clados "branch"와 gramma "character"에서 유래)은 유기체 간의 관계를 보여주기 위해 cladistics에서 사용되는 다이어그램입니다. 그러나 분지도는 조상이 후손과 어떻게 관련되어 있는지 보여주지 않고 그들이 얼마나 변했는지 보여주지 않기 때문에 진화적 나무가 아닙니다. 하나의 분지도에서 많은 진화적 나무를 유추할 수 있습니다. 분기도는 마지막 공통 조상을 가진 유기체 그룹인 분기군에서 끝나는 다른 방향으로 분기하는 선을 사용합니다. cladogram에는 많은 모양이 있지만 모두 다른 선에서 분기되는 선이 있습니다. 라인은 분기 지점으로 다시 추적할 수 있습니다. 이러한 분기점은 가상의 조상(실제 개체가 아님)을 나타내며, 이는 그 위에 있는 최종 분류군 간에 공유되는 특성을 나타내는 것으로 추론할 수 있습니다. 그러면 이 가상의 조상은 조상에 대한 다양한 특징, 적응 및 기타 진화적 이야기의 진화 순서에 대한 단서를 제공할 수 있습니다. 전통적으로 이러한 분지도는 형태학적 특성을 기반으로 크게 생성되었지만, DNA 및 RNA 시퀀싱 데이터와 컴퓨터 계통발생학은 이제 자체적으로 또는 형태학과 결합하여 분지도 생성에 매우 일반적으로 사용됩니다.

분지도를 생성하는 데 사용되는 특성은 대략 형태학적(시냅스 두개골, 온혈, 척삭, 단세포 등) 또는 분자(DNA, RNA 또는 기타 유전 정보)로 분류할 수 있습니다. DNA 염기서열 분석이 등장하기 전에는 분지 분석에서 주로 형태학적 데이터를 사용했습니다. 행동 데이터(동물용)도 사용할 수 있습니다.

DNA 시퀀싱이 더 저렴하고 쉬워짐에 따라 분자 계통학은 계통 발생 가설을 추론하는 점점 더 대중적인 방법이 되었습니다. 간결성 기준을 사용하는 것은 분자 데이터에서 계통 발생을 추론하는 여러 방법 중 하나일 뿐입니다. 시퀀스 진화의 명시적 모델을 통합하는 최대 가능성과 같은 접근 방식은 시퀀스 데이터를 평가하는 비-헤니지안 방식입니다.계통발생을 재구성하는 또 다른 강력한 방법은 염기서열 데이터를 괴롭히는 역전 문제에 덜 취약한 것으로 생각되는 게놈 레트로트랜스포존 마커를 사용하는 것입니다. 그들은 또한 한 번 게놈으로의 통합이 완전히 무작위적이라고 생각되었기 때문에 일반적으로 동형형성의 발생률이 낮은 것으로 가정되지만, 적어도 때로는 그렇지 않은 것 같습니다.

연구자들은 어떤 문자 상태가 "조상"(plesiomorphies)이고 어떤 것이 파생(synapomorphies)인지 결정해야 합니다. 왜냐하면 synapomorphic 특성 상태만이 그룹화의 증거를 제공하기 때문입니다. 이 결정은 일반적으로 하나 이상의 외집단의 특성 상태와 비교하여 수행됩니다. 외집단과 내집단의 일부 구성원 사이에서 공유되는 상태는 sympsiomorphies이며 내집단의 하위 집합에만 존재하는 상태는 synapomorphies입니다. 단일 터미널에 고유한 문자 상태(자동 변형)는 그룹화의 증거를 제공하지 않습니다. 다른 outgroup은 완전히 다른 토폴로지를 가진 나무를 생성할 수 있기 때문에 outgroup의 선택은 분지 분석에서 중요한 단계입니다.

동형은 공통 조상이 아닌 다른 원인으로 인해 둘 이상의 분류군이 공유하는 특성 상태입니다. 동형 형성의 두 가지 주요 유형은 수렴(최소한 두 개의 별개 혈통에서 "동일한" 성격의 진화)과 복귀(선조의 성격 상태로의 복귀)입니다. 북극 포유류의 다른 혈통에 있는 흰 털과 같이 분명히 동형이 되는 캐릭터는 관계에 대한 우리의 이해에 아무런 기여도 하지 않기 때문에 계통발생학적 분석에 캐릭터로 포함되어서는 안 됩니다. 그러나, 동형은 종종 문자 자체의 검사에서 분명하지 않으며(예를 들어, DNA 서열에서와 같이), 가장 간결한 분지도에서 부조화(간소하지 않은 분포)에 의해 감지됩니다. 동형 문자는 여전히 계통 발생 신호를 포함할 수 있습니다.

수렴 진화로 인한 동형의 잘 알려진 예는 "날개의 존재"라는 문자 일 것입니다. 새, 박쥐, 곤충의 날개는 같은 기능을 하지만 해부학에서 알 수 있듯이 각각 독립적으로 진화했습니다. 새, 박쥐 및 날개 달린 곤충이 "날개 존재"라는 캐릭터에 대해 점수를 매기면 동형이 데이터 세트에 도입되고 이는 잠재적으로 분석을 혼란스럽게 하여 관계에 대한 잘못된 가설을 초래할 수 있습니다. 물론 동형이 먼저 인식될 수 있는 유일한 이유는 동형 분포를 나타내는 관계 패턴을 암시하는 다른 문자가 있기 때문입니다.

그림 16.4에 표시된 분지도는 여우원숭이와 로리스와 같은 스트렙시린을 포함하여 모든 영장류가 공통 조상을 가졌고 그 후손이 모두 영장류인 계통군을 형성한다는 현재 보편적으로 받아들여지는 가설을 나타냅니다. 따라서 이 계통군에 대해 영장류라는 이름이 인정됩니다. 영장류 내에서 모든 유인원(원숭이, 유인원 및 인간)은 공통 조상을 가졌을 것으로 가정하고 그 후손은 모두 유인원이므로 Anthropoidea라고 하는 분기군을 형성합니다. 반면에 "원생동물"은 측계통 분류군을 형성합니다. Prosimii라는 이름은 계통발생학적 명명법에는 사용되지 않으며 "원생동물"이라는 분류군만 명명하는 대신 Strepsirhini 및 Haplorhini 분기군으로 나뉘며, 후자는 Tarsiiformes와 Anthropoidea를 포함합니다.

그림 16.4: 단일계통 분류군(분류군: 유인원 또는 Anthropoidea, 노란색), 측계통 분류군(원생동물, 파란색, 빨간색 부분 포함), 다계통 분류군(야행성 영장류 – lorises와 안경원숭이 – 빨간색)]


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Wikipedia 이야기: 명명 규칙(생물학)

메모: 아래의 논의 중 일부는 현재 존재하는 명명 규칙 페이지 Wikipedia:Naming 규칙(동물군)과 관련이 있습니다.

명명 규칙 페이지의 일부가 되기 위해 생물학적 기사의 명명 방식에 대한 합의를 정말 원합니다.

첫째, 라틴계 이름은 영어(및 기타 모든 언어)의 기술적인 이름이기 때문에 영어 단어 사용이 항상 라틴계 이름보다 일반 이름을 사용해야 한다는 의미는 아니라고 생각합니다.

기사는 해당 단어의 일반적인 사용법을 설명하고 공식 라틴어 이름 아래 기술 설명에 연결되는 분류군의 공통(영어 단수) 이름 아래에 있어야 합니다. 그 아래에 단 하나의 항목만 있는 분류군의 경우를 제외하고는 예를 들면 다음과 같습니다. 코알라

전체 기사(기술적 특성 포함)는 아마도 코알라 아래에 존재해야 합니다. 파스코락투스 시네레우스 (Linnaean 이름), 리디렉션이 있어야 합니다.

코알라가 이 과의 유일한 종이기 때문에 Phascolarctidae 계통의 기사가 존재해야 하는지 확실하지 않습니다.

고래 아래에 이 단어의 일반적인 사용법을 설명하는 기사가 있어야 합니다. 그런 다음 그것이 때때로 고래목 전체를 지칭하기 위해 기술적으로 어떻게 사용되는지에 대한 설명이지만, 용어가 돌고래를 제외하면 킬러 이후로 유효한 생물학적 그룹이 아닙니다. 고래 핑크에 더 가깝다. 돌고래 블루보다 고래. 여기에는 모든 관련 페이지(Cetacea, Mysticeti, Dolphin 등)에 대한 링크가 포함되어야 합니다. 기간 고래(예: 마우스 기사 하단에 있음).

다양한 분류군(Cetacea, Odontoceti, Mysticeti, Balaenopteridae 등)의 라틴어 이름 아래에 별도의 문서가 있어야 합니다.

하지만 Balaenoptera musculus, 해당 기사는 대왕고래 아래에 있어야 합니다.

일반 이름이 없기 때문에 기사는 "Therapsid" 및 "Therapsids" 아래에 리디렉션됩니다.

마우스 기사는 좋은 일반적인 사용 기사입니다(Muridae의 합자 제외). 그런 다음 기술 설명이 있어야 하는 Muridae 계통에 연결되어야 합니다.

대문자 및 기울임꼴 규칙을 게시하는 것도 좋은 위치일 수 있습니다. 그리고 아마도 가족(하위 및 상위 포함) 이름의 적절한 영어화에 관한 것입니다.

피드백 부탁드립니다. 다른 분들은 어떻게 생각하시나요?

영어 복수형 영어 단수형 또는 라틴어 복수형을 분류학적 이름으로 사용해야 합니까? 예: Therapsid 대 Therapsid 대 Therapsida 선호 사항이 있습니까? 영어를 사용한다면 단수여야 합니다. 그만한 가치가 있기 때문에 내가 선호하는 것은 라틴어보다 영어이지만 그것은 단지 나입니다. --앨런 밀러

생물학적 형태에 대해 라틴어 또는 린네 이름을 사용하기로 결정한 경우 다음 사항을 준수해야 합니다.

  1. 속명은 단수입니다.
  2. 속보다 순위가 높은 분류군은 복수형이다.
  3. 종의 이름은 속격의 명사이거나 성별이 속과 일치해야 하는 형용사입니다.
  4. 속명은 항상 대문자로 시작합니다.
  5. 종명은 항상 소문자로 시작합니다.
  6. 규칙 4와 5는 제목의 대문자 사용에 대한 모든 언어의 규칙보다 우선합니다(종의 이름이 제목의 첫 번째 단어가 되는 것은 불가능합니다.).
  7. 속명과 종명은 항상 이탤릭체로 쓴다.

위의 합의는 나에게 합리적으로 보입니다. 그러나 과학적 이름과 일반 이름을 언제 처음 사용하는지에 대한 규칙을 만들 수도 있습니다. 내 견해는 이것이 처음에 처음 기사를 만든 사람에게 맡겨야 한다는 것입니다. 기술적 세부사항, 생리학, 상세한 진화 및 가계도를 나열하려면 초기 기사에 적절한 학명을 지정해야 합니다(일반 이름을 일시적, 최소한 학명으로 리디렉션). 그 사람이 유기체에 대한 평신도 설명, 그것이 인간과 어떻게 관련되는지, 인간이 아닌 생태학적 상호작용에 대한 세부사항을 작성하는 경우, 초기 기사는 가장 일반적이고 일반적인 이름을 제공해야 합니다(합리적인 최소한의 모호성 포함). 물론 대부분의 유기체에는 실제 일반적인 이름이 없지만 이들 중 많은 유기체에는 연구하는 사람들이 일반적으로 사용하는 이름이 있습니다(일반적으로 과학 이름의 대략적인 Anglicizations).

어느 쪽이든 글이 성장하면서 두 가지 유형의 콘텐츠를 나눌 수 있고 나누어야 할 때가 있을 수 있습니다. 각 기사는 적절한 스텁보다 조금 더 많으므로 짧은 기사에서는 이런 일이 발생하지 않는 것이 좋습니다).

요약하자면 이 기사는 일반적인 이름을 가진 잘 알려진 유기체에 대해 다음과 같이 나누어야 한다고 생각합니다(필요한 경우 덜 알려진 유기체는 Scientific 이름의 기사에서 이 모든 정보를 가질 수 있음).

  • 학명 유기체 자체, 상세한 진화 역사, 분지학(또는 분류되지 않은 단어를 사용하기 위해), 생리학, 그리고 과학자와 평균 이상의 지능과 관심을 가진 일반인이 관심을 가질 만한 기타 세부 사항에 대한 정보가 포함된 기사의 이름을 지정하는 데 사용해야 합니다. . 이러한 모든 개념은 서로 상호 연관되어 있으며 함께 사용하는 것이 합리적입니다. 내부의 유기체의 환경 -- 진화가 그 환경을 형성했습니다.
  • 일반적인 이름 유기체에 대한 일반 설명과 함께 기사 제목으로 사용해야 합니다. 이러한 설명은 거의 항상 생태학적 관계에 집중되어 있습니다. 인간과 유기체의 관계. 진화와 생리학에 대한 일부 개요는 일반 이름 항목에도 포함되어야 하지만(최종적으로는 최소한), 이것은 평균적인 지능과 관심을 가진 사람을 지루하게 하지 않도록 길이와 세부 사항에서 제한되어야 합니다. 또한 야생 동물 관리자(생태학적 상호 작용에 집중)가 가장 자주 사용하는 일반 이름이기도 하므로 일반 이름에서 생태학적 상호 작용에 집중하는 것이 특히 중요합니다.

잘 알려진 개별 종(예: 대왕고래/Balaenoptera musculus 위의 예) 또는 속(예: cat/Felis) 또는 속(예: cat/Felis)은 세부 사항으로 들어가기 전에 항상 평신도 설명을 작성하려고 노력해야 합니다. 기술 정보는 일반 설명과 별도로 나열될 수 있습니다. 내용의 추가 분할은 사례별로 취해져서는 안 됩니다(예: 조류 진화에 대한 길고 흥미롭고 일반 사용자가 접근할 수 있는 토론을 Aves의 진화 또는 조류 진화에 배치해야 합니까? 이것이 우리가 할 수 있는 것입니다. 추가 논의가 필요함). --maveric149

나는 그런 분리가 나쁜 생각이라고 생각하며 단순히 콘텐츠를 추가해야 하는 위치에 대해 더 많은 문제를 일으킬 것입니다. 예를 들어, 새로 발견된 곤충목인 Mantophasmatodea를 살펴보십시오. 이것들은 분류학의 새로운 부분이었고 곤충에 대한 모든 기술 조사에 추가되어야 했습니다. 그러나 동시에 그것들은 "평신도"가 신문에서 읽어야 하는 것이었고, 따라서 아마도 곤충 기사도.

마찬가지로 둘 다 코알라 그리고 파스코락투스 시네레우스 그들의 식단에 대해 논의하게 될 것입니다. 배낭을 꾸리는 습관 늑대 를 위해 중요할 것입니다 큰개자리 루푸스 또한. Saurischian과 Ornithischian의 차이점 공룡 에 대한 논의에서 거의 생략될 수 없다. 공룡. 기타 등등.

요컨대, 나는 이것이 매우 많은 양의 중복 정보로 이어질 것이라고 생각합니다. 그리고 그것은 항상 문제입니다. 일반적인 이름과 학명은 동의어. 예를 들어 우리는 그리스인 및 비 그리스인과 관련된 도시의 측면을 논의하는 Athinai 및 Athens에 대한 별도의 기사를 원하지 않습니다. 우리는 도시에 대해 둘 다 논의하고 지나치게 구체적으로 보이는 것들에 연결하는 기사를 원합니다. . 생물학적 그룹에 대해서도 동일한 작업을 수행할 것을 촉구합니다.

그리고 btw, 생물학적 배경이 없는 사람들에게 특별한 치료가 필요하다는 생각은 아닙니다. 다른 백과사전은 그렇게 하지 않으며 우리는 하이퍼링크 덕분에 이미 한 발 더 나아갔습니다. 결국 Nematoda와 같은 것은 그대로 이해하기 어려울 수 있지만 모든 전문 용어가 다른 페이지에 연결되어 있다면 여전히 그럴까요?


믿거나 말거나 저도 비슷한 이유로 이 분열을 해서 고민입니다. 그러나 우리는 또한 Homo sapiens 대신 Human이 있어야 하는 명명 규칙을 따라야 합니다. 그리고 나 진짜 분류 목록 정보를 기사 앞에 놓고(종종 속이나 종의 긴 목록이 있음) 마치 나중에 생각한 것처럼 "텍스트".

위의 제안은 과학적 이름만 사용하려는 분류학자와 과학적 문맹이 만연한 이유 중 하나가 과학자들이 종종 자신만이 할 수 있는 지나치게 복잡한 표현을 사용하기를 주장하기 때문이라고 강하게 느끼는 사람들 사이에 휴전을 설정하는 것이었습니다. (상아탑 물건) 발음하거나 철자하는 것은 고사하고 이해하십시오.

예를 들어 Joe Blow가 Balaenoptera musculus 기사의 첫 번째 줄을 읽기 전에 제목만 보고 관심을 끌 가능성이 높습니다(이는 또한 최근 변경 사항에서 명확하지 않기 때문에 다른 사람들이 이 기사에 기여하는 것을 방해할 것입니다. Balaenoptera musculus 대왕고래의 이항 이름이며, 그렇게 하는 고래는 기술적으로 다른 청중을 위해 기사를 편집하는 경향이 있습니다. 이는 이 기사의 대부분에 해당하는 것으로 보입니다. 게다가 분류학자들과 해양 생물학 전문가들 외에 누가 이명 이름을 알고 링크할 수 있도록 철자법을 알겠습니까?

나는 이미 학명으로 제목이 다음과 같은 수십 개의 기사를 발견했습니다. 절대 안돼 일반 이름에서 기술 이름으로 리디렉션합니다. 이것이 우리가 여기 wikiland에서 일반적인 이름을 사용하고 영어 제목을 선호하는 이유입니다. 기술적인 제목을 사용하는 것을 선호하는 사람들은 리디렉션을 귀찮게 하지 않고 리디렉션을 하는 경우에도 위에서 논의한 다른 문제가 여전히 있습니다.

나는 이제 학명이 기껏해야 일반명이 존재하는 경우에만 분류학적 정보를 가져야 한다고 생각합니다. 일반 이름의 링크는 첫 번째 줄의 굵은 일반 이름 뒤에 괄호로 묶인 단어 자체의 링크와 함께 "X의 분류" 제목 아래에 있습니다. 또는 기사 제목을 지정할 때 사물의 일반적인 이름만 사용한다는 내 독창적이고 타협하지 않는 아이디어를 끝까지 사용할 수 있습니다. 일반명과 학명 사이의 사용상의 차이점은 기사 내에서 논의될 것입니다(예: Jellyfish 기사에서 수행한 작업).

흠, 방금 아이디어가 떠올랐어요. 왜 "배치" 및 "어린이/구성원" 정보가 오른쪽 정렬 테이블에 있지 않습니까(네덜란드 또는 라듐 기사에서와 같이). 그러면 기사와 목록이 나란히 살 수 있습니다(과학적인 이름이 일반 이름으로 리디렉션됨 - 기술적인 이름을 선호하는 사람들은 반대의 경우 단순한 필사자만큼 혼란스럽거나 낙담하지 않을 것입니다. 사례). 이 아이디어가 정말 마음에 듭니다. --maveric149

어떻습니까, 나는 거의 모든 곳에서 당신의 의견에 동의합니다! 그러나 휴전은 두 세계 모두에서 최악의 상황을 초래할 수 있다고 생각합니다. 어느 하나 극단적인 것이 더 좋을 것입니다. 우리는 그보다 더 잘할 수 있고 또 해야 합니다. 오른쪽으로 정렬된 테이블은 좋은 생각이지만 이전에 몇 가지 실험을 했던 것을 기억할 수 있습니다.

제 생각은 이렇습니다. 독자는 결국 개미 또는 개미과 정보를 얻으려면 두 경우 모두 직선 분류법보다는 기사를 기대합니다. 즉, 둘 다 같은 페이지를 참조해야 하며 슬프게도 실제로 템플릿 헤더를 따라갈 수 없습니다. 로티퍼가 살아 있다는 것을 모르는 사람은 시작하기 훨씬 전에 혼란스러울 것입니다.

이것은 표준화된 분류 페이지가 없어야 한다는 것이 아니라 일반 기사인 것처럼 평평한 이름으로 나열되어서는 안 된다는 것입니다. 나는 그것들을 양식의 페이지로 옮기는 것 같아요 개미과의 분류 멋진 아이디어입니다. 그러나 이들의 분리된 존재가 분류품을 강탈함으로써 절대적으로 정당화되어서는 안 된다. 오히려 그것들은 분류에 대한 추가 정보가 배치될 수 있는 추가 정보로 간주되어야 합니다. 기사에 비해 너무 긴 속 목록, 문제의 그룹에 대한 동의어 목록 및 체계의 역사적 변형입니다.

모든 경우에 분류는 가능한 한 일반명과 학명으로 그룹을 참조해야 합니다. 책은 일반적으로 다음과 같은 형식으로 항목을 나열합니다. 개미과(개미), 정보를 제공하고 모든 사람이 액세스할 수 있습니다. 이것은 우리가 채택하기로 선택한 어떤 계획에도 적용됩니다.

그 시점에서 모든 링크와 검색은 기사가 배치된 이름에 관계없이 작동합니다. 따라서 우리가 일반 또는 과학을 선택하는지 여부는 실제로 중요하지 않지만 정확한 지침을 작성하는 중대한 도전을 수행하고자 하는 사람은 환영합니다.

그러한 계획에 필요한 일부 조치를 기꺼이 도와드리겠습니다. 그래서, 이것은 매버릭, 피에르, 절충주의 또는 기타 관련자들에게 좋은 소리로 들립니까?

잘 들린다. 내가 더 일반적인 것과 함께 갈 것을 제외하고 개미 (Formicidae) 형식을 사용하여 최대한 많은 독자를 대상으로 작성하고 이미 확립된 명명 규칙을 준수합니다(물론 많은 유기체에는 일반적인 이름이 없으므로 해당 기사에는 학명이 있어야 함). 요소 기사의 경우와 같이 템플릿 및 데이터 수집 가이드가 만들어지면 여기에 정보를 추가하는 것이 간단해야 합니다. 이러한 템플릿에는 기본적인 기본 사항, 평균 무게, 크기, 일부 분류학적 정보 등(네덜란드 테이블과 유사)만 있거나 더 많은 경쟁 데이터(예: 바륨 테이블)가 있을 수 있습니다. 완전한 분류는 당신이 제안한 것처럼 개미과의 분류(Taxonomy of Formicidae)와 같은 하위 기사에 있을 수 있으며, 이는 기사 개미 내에서 연결됩니다. 이것들은 지금 당장은 아이디어일 뿐입니다. 요소 기사 템플릿의 버그를 해결하는 데 몇 달이 걸렸습니다. 여기에서 버그를 해결하는 데 더 오래 걸릴 수 있습니다. --maveric149

이 문제에 대해 더 많이 읽을수록 두 기사 접근 방식의 가치에 대해 더 확신하게 됩니다. 학명과 일반명이 동의어라는 진술은 정확하지 않습니다. 일반 이름은 실제로 해당 학명의 동의어이지만 이것은 일방통행에 불과합니다. 두 세트의 이름은 일대일 대응 관계가 없습니다. 학명은 정확하거나 최소한 일반적인 이름이 모든 사람에게 항상 같은 방식으로 이해되는 것은 아닙니다. 우리 중 많은 사람들이 작은 고래로 생각하지만 다른 사람들에게는 돌고래가 될 "돌고래"로 무엇을합니까? 코리파에나. 나는 대부분의 기사가 과학적인 이름으로 끝날 것이라고 생각합니다. 대부분의 생명체에는 공통 이름조차 없습니다. 물론 고양이 기사와 Felidae 기사가 중복될 가능성이 높지만 나는 그것을 문제로 보지 않습니다. 특정 정보가 어디에 속하는지에 대한 심각한 논쟁이 있는 경우 둘 모두에 적용하면 회색 영역을 매우 멋지게 다룰 수 있습니다. Rotifers에 대해 한 번도 관심을 가져본 적이 없는 Joe Blow는 Rotifers를 검색하지 않을 것이며, 검색한다면 기사에 자메이카 레게 음악에 대한 언급이 없다는 사실에 실망할 것입니다. 주제 제목과 페이지 레이아웃에 관해서는, 현재 WikiTree of Life에 있는 Solanales의 제목을 소개했다고 해서 이에 대해 융통성이 없다는 의미는 아닙니다. 그런 다음 분류 페이지에 대한 구조화된 형식을 제안하는 경우 이름을 사용해야 했습니다. 나는 네덜란드와 라듐 페이지를 보았고 삽화는 그 페이지를 정말 매력적으로 만듭니다. Mav의 아이디어는 너무 많은 기술적 어려움 없이 수행될 수 있다면 훌륭합니다. 약 100개의 요소와 200개의 국가는 100,000개의 생물학적 분류군보다 쉬운 작업입니다. 절충학, 2002년 7월 12일 금요일

오른쪽 정렬 테이블은 아주 좋은 아이디어라고 생각합니다. 자식이 너무 많은 경우(예: >=100)가 아니면 테이블에 있어야 하며, 이 경우 별도의 페이지에 있어야 합니다. 예를 들어 12명 이상이면 3개의 너비 테이블에 자식 형식을 지정하는 것이 좋습니다.

학명과 일반명 간의 충돌은 규칙을 만들기에 충분한 한 유형이 있을 때까지 사례별로 처리해야 합니다. 우리는 학명과 같은 일반명, 한 유기체의 일반명과 다른 유기체의 학명, 그리고 비생물체의 학명과 같은 일반명을 가졌습니다. 동물의 학명과 같은 식물의 학명도 있습니다. Anura는 식물의 속이며 양서류 분류군입니다. Cecropia는 나방의 일반적인 종명이며 엠바후바 나무의 속명입니다.

로티퍼는 자메이카 음악과 어떤 관련이 있습니까?

종의 이름은 명사가 될 수 있으며, 이 경우 속과 성별이 다를 수 있습니다. 예를 들어, 문어 난자 그리고 오.셀레네.

아직 100,000개에 가까운 분류군 기사가 없으므로 모두 표로 변환할 수 있습니다. 얼마나 많은 기사가 있는지 보려면 Animalia 및 Plantae로 연결되는 페이지를 참조하십시오.

위의 절충주의로. 일반적인 이름의 모호성에 대해 당신이 말하는 것은 사실이지만, 나는 그것이 실제로 상황을 바꾸지 않는다고 생각합니다. 그럴 가능성은 희박하다. 돌고래 이 기사는 포유 동물과 물고기 모두에 대해 논의하게 될 것입니다. 대신 사람들은 두 가지를 명확하게 구분하여 다음과 같은 기사를 제공합니다. 돌고래 (포유류) 그리고 돌고래, 분류학적 그룹에 직접 해당합니다. 예를 들어 zebrafish의 페이지를 고려하십시오. 나는 이것이 일어나지 않을 경우를 상상할 수 없다. 그리고 당신은 인정해야 합니다. 돌고래 그리고 코리파에나 정확히 같은 것입니다.

또한 타겟 고객에 대해 말씀하신 내용이 사실이 아니라고 생각합니다. 현미경을 통해 볼 수 있는 것으로 로티퍼에 대해 들어본 적이 있고 더 많은 것을 알고 싶어하는 사람을 상상할 수 있습니다. 그리고 그들이 살아 있다고 의심하더라도 완전한 계층적 배치 및 설명으로 시작할 준비가 되어 있지 않아도 됩니다. 어린이들". 이에 대해 rotifer와 Rotifera에 별도의 기사가 있다고 말할 수 있을 것 같습니다. 그러나 후자 페이지의 내용 중 솔직히 두 가지 모두에 적절하지 않은 것은 무엇입니까? 당신은 어떤 복제는 괜찮다고 말하지만 거의 모든 경우에 거의 모든 것이 복제될 것이라고 생각합니다. 그리고 그것은 단순히 아닙니다.

Btw, 일반 이름과 학명이 동일한 경우 분명히 그들을 분리하고 싶지 않습니다. 그런 다음 동일한 이름으로 동일한 정보가 두 번 반복됩니다. 그냥 바보입니다.

오른쪽 정렬 테이블 비트에 대해 조금 더 생각하고 배치하기에 좋은 아이디어 일 수 있다고 생각하지만 어린이에게 사용하기에는 조금 걱정됩니다. 두 명의 자녀가 적합해야 하는 경우가 많다는 것 외에도, 분할이 논란의 여지가 있거나 단순히 단순한 목록이 제공할 수 있는 것보다 더 많은 설명이 필요한 경우가 있습니다.

나는 로티퍼와 라스타파리를 혼동하는 가상의 검색가를 가진 거친 자유 연상 유머에 대해 사과해야 한다고 생각합니다. 아내는 내가 무슨 말을 하는지 절대 이해하지 못하지만, 12살 난 아들의 신음 소리는 아주 좋은 징조입니다. 테이블을 볼 수 있기를 기대합니다. Mav는 디자인 방법에 대한 핸들을 가지고 있는 것으로 보이며 나머지는 템플릿의 공백을 채울 수 있어야 합니다. 우리는 이러한 형식으로 게재위치를 처리하는 것에 대해 합의한 것 같습니다. 나는 우리 모두가 아이들이 어떻게 보일지에 대해 우려하고 있다고 생각하며, 2차 분류 수준이 유용할 수 있는 것은 더 난잡한 분류군의 맥락에서 찾을 수 있습니다. 다른 한편으로 대부분의 척색동물이 척추동물이라는 점을 독자들에게 계속 상기시키는 것은 말이 안 되는 것 같지만, 무척추동물을 다룰 때는 어느 시점에서 구별해야 합니다. 나는 우리가 특히 분지학 또는 다른 대안적 분류법의 영역에서 일부 분류군의 자식에 대해 논의할 여지가 필요하다는 데 동의합니다. (색깔이 다를까요?) 저는 이 토론에 참여한 사람들이 많은 문제에 대해 어느 정도 합의에 도달했다고 생각합니다. 우리는 우리가 동의하는 측면을 구현하기 위해 계속 진행해야 하며, 단기적으로는 최소한 사례별로 눈에 띄는 차이점을 처리해야 합니다. 분지론적 논쟁을 적절하게 다루기 위해 우리는 아마도 지금보다 훨씬 더 많은 분류 데이터가 위키피디아에 있어야 할 필요가 있을 것입니다. 페이지 분할 토론에서 우리는 다른 비전을 가진 사람에게 쉽게 전달되지 않는 비전에 대해 이야기하고 있으며, 100,000 분류군에 대한 기사를 가질 수 있다면 분할 페이지 문제가 의미가 있는 것은 소수의 비율이 될 것입니다. 100,000. 불행히도 대부분은 가장 잘 알려진 분류군과 관련이 있습니다. 절충학, 2002년 7월 12일 금요일


훌륭한! 오른쪽 정렬 테이블을 사용하면 여기 있는 모든 사람들이 만족할 것 같습니다. 이제 테이블을 가지고 놀면서 세부 사항을 작업할 수 있습니다. 나는 우리가 사례별로 일반명/학명을 사용할 수 있고 일반명과 학명이 본질적으로 동일한 경우 하나의 기사만 가질 수 있다는 데 동의합니다. 나는 테이블에 모든 아이들을 나열하는 것에 대한 Josh의 우려를 공유합니다(짧은 아이들 목록에 대해 수행할 수 있지만 실제로 긴 아이들은 문제가 있습니다).

그래서 나는 우리가 라듐의 주요 기사에 있는 표에서 가장 안정적이고 흥미로운 동위 원소만을 나열하는 긴 목록에 대한 라듐 기사의 동위 원소 섹션에서 볼 수 있는 일반적인 형식을 따를 것을 제안합니다. 내가 할 계획은 라듐 동위원소 목록(또는 이와 유사한 이름)에서 모든 라듐 동위원소와 그 속성의 전체 목록을 만드는 것입니다.

유기체 표의 경우에도 유사한 작업을 수행할 수 있습니다. 중요한 측면에서 주목할 만한 하위 항목만 나열합니다(기사가 다루는 배치 그룹의 좋은 예이거나 다른 이유로 널리 알려지고 쓰여진 경우). 그런 다음 모든 하위 항목이 나열된 별도의 하위 기사를 가질 수 있습니다(목록만 되는 경우 목련목의 목록과 같은 항목에 있을 수 있음). 나는 이것이 주요 기사에서 할 수있는 가장 유익한 일이 될 것이라고 생각합니다. --maveric149

생각했다. 적어도 모든 아이들을 나열하는 것은 여전히 ​​괜찮을 것입니다 -- 특히. 기고자가 주요 기사의 표에 나열할 항목과 표시하지 않을 항목을 선택하는 데 필요한 지식이 없는 경우(많은 목록에 대해 이것을 결정하는 데 어려움을 겪을 것임을 압니다). 가장 주목할만한 아이들만 테이블에 나열하는 목표를 간단히 표현할 수 있습니다(나중에 더 많은 정보를 제공하는 당사자가 항상 수행할 수 있음). 게다가 오른쪽 정렬 테이블의 가장 큰 장점은 기사의 텍스트를 방해하지 않고 임의의 길이를 가질 수 있다는 것입니다. --maveric149 좋은 지적입니다. 목록이 모두 있을 때 목록에 어떤 문제가 있는지 보기가 더 쉬울 것입니다. Eclecticology, 2002년 7월 13일 토요일 시도해보는 것도 나쁘지 않을 것입니다. 문제가 발생하거나 불편하거나 번거로워지면 언제든지 재평가할 수 있습니다. 가능성은 그 시점 이전에 모든 것이 완료되어 어쨌든 변경할 필요가 없을 것입니다. --JG

안녕 모두. 나는 신입이다. 나는 방금 Wikipedia talk:WikiProject Tree of Life에 확장에 관한 의견을 추가했는데 여기 독자들이 관심을 가질 수 있습니다. 건배 Gary Curtis 11:20 2003년 2월 25일 UTC


다양한 유기체에 걸친 유전자 명명법 단순화 사례

얼룩말 핀치는 인간의 옥시토신과 거의 다른 메소토신이라는 호르몬을 만듭니다. 크레딧: 록펠러 대학교

Constantina Theofanopoulou는 옥시토신을 연구하기를 원했습니다. 그녀의 대학원 연구는 호르몬이 인간의 언어 발달에 어떻게 영향을 미치는지에 초점을 맞추었고 이제 그녀는 그 발견을 사용하여 노래하는 새가 노래하는 법을 배우는 방법을 조사할 준비를 하고 있습니다. 문제는 새에게 옥시토신이 없다는 것이었습니다. 또는 그녀는 그렇게 말했다.

그녀는 "게놈을 조사한 모든 곳에서 새에서 옥시토신이라는 유전자를 찾을 수 없었다"고 말했다.

Theofanopoulou는 결국 새, 파충류 및 양서류의 옥시토신과 유사한 메소토신을 발견했습니다. 그러나 그녀가 록펠러에 있는 에리히 자비스의 연구실에 있는 문헌을 부풀리면서 물은 점점 더 탁해졌습니다. 그녀와 Jarvis가 물고기의 옥시토신에 대한 연구를 찾고자 한다면 고유한 용어인 이소토신을 검색하는 것을 기억해야 했습니다. 물론 그들이 특정 종의 상어에서 옥시토신에 대한 연구를 찾고 있지 않는 한, 이 경우 그들은 초록 개고기의 옥시토신인 발리토신에 대한 초록을 샅샅이 뒤져야 했습니다. 인간의 바소프레신이라고 불리는 새의 호르몬 바소토신을 연구할 때도 비슷한 문제가 발생했습니다. 그리고 포유류 연구에서 일반적으로 OXTR로 약칭되는 옥시토신 수용체는 다른 종의 연구에서 VT3, MTR, MesoR 또는 ITR로 명명될 수 있습니다.

"저는 길을 잃기 시작했습니다."라고 Jarvis는 인정합니다. "더 깊이 파고들기 전에 인간과 새의 유전자가 진화적으로 관련되어 있는지에 대해 올바른 가정을 했는지 확인해야 한다고 말했습니다."

이제 새로운 연구에서 자연, Theofanopoulou와 Jarvis는 옥시토신으로 알려진 인간 호르몬이 사실 모든 주요 척추동물 계통에 걸쳐 하나의 동일한 유전자임을 보여줍니다. 유사점은 사실 너무 놀라워서 과학자들은 인간의 옥시토신과 바소프레신으로 알려진 호르몬과 각각의 수용체에 대한 새로운 표준 명명법을 적용하여 전문 용어를 완전히 정리할 것을 주장합니다.

이 업데이트된 명명 규칙은 최소한 옥시토신을 연구하는 과학자들의 삶을 더 쉽게 만들어 줄 것입니다. 그러나 그것은 또한 종에 걸쳐 광범위한 생물학적 발견을 번역하는 방법에 대한 모델 역할을 할 수 있으며 궁극적으로 동일한 유전자가 다른 유기체에서 어떻게 기능하는지 더 잘 이해할 수 있습니다.

이 연구는 광범위한 생물학적 기능을 담당하는 이 유전자군의 진화 역사를 설명합니다. 크레딧: 바르셀로나 대학교

전체 게놈 접근법

전체 게놈 시퀀싱이 과학자들에게 얼마나 많은 유전자 서열이 유사한지에 대한 큰 그림을 제공하기 전에, 생화학자들은 종종 경미하고 종종 중요하지 않은 차이를 인식하여 거의 동일한 유전자에 고유한 이름을 할당했습니다. 이로 인해 종에 걸쳐 이상한 명명 규칙이 생겨서 Theofanopoulou와 Jarvis를 당황하게 만들었습니다. "포유류의 옥시토신은 거북이의 메소토신과 다른 아미노산을 가지고 있습니다."라고 Theofanopoulou는 말합니다. "전체 게놈 관점을 갖기 전에는 그것이 완전히 다른 유전자라고 생각했을 수도 있습니다."

그러나 서열 유사성이 다른 종의 두 유전자가 관련되어 있다는 유일한 신호는 아닙니다. 다른 하나는 과학자들이 synteny라고 부르는 각각의 염색체에 있는 각 유전자의 주변 유전자 영역입니다. 다시 말해서, 유전자의 동일성은 유전자 '내부' 서열에 의해서만 구성되는 것이 아니라 그 유전자를 둘러싸고 있는 유전자, 즉 그 유전자 '외부'에서 발견되는 유전자에 의해 구성됩니다. 포유류의 옥시토신은 거북이 유사체와 순서대로 약간 다르지만 이 새로운 연구는 모든 주요 척추동물 계통과 4개의 무척추동물 계통에 걸쳐 있는 35종의 게놈 전반에 걸쳐 옥시토신, 바소토신 및 각 호르몬 수용체에 통합성이 있음을 보여줍니다.

"합성을 통해 우리는 포유류의 옥시토신이 거북이의 메소토신과 동일한 유전자임을 보여줄 수 있습니다. 왜냐하면 이 모든 게놈에서 동일한 합성 위치, 즉 종에 걸쳐 동일한 유전자로 둘러싸여 있기 때문입니다. 유전자 내의 유전자 서열은 다음과 같은 경향이 있습니다. 빠르게 변화하지만 유전자 순서, 즉 유전자가 차례로 위치하는 방식은 진화론적 시간에 훨씬 더 많이 보존되는 경향이 있습니다." Theofanopoulou는 말합니다.

Jarvis가 의장을 맡고 있는 국제 척추동물 게놈 프로젝트(Vertebrate Genomes Project)가 주도하는 프로젝트인 전체 게놈을 보다 완전하고 정확하게 만드는 최근 업데이트가 없었다면 이러한 더 넓은 관점은 불가능했을 것입니다. 이들은 거의 완전한 염색체 수준 게놈 어셈블리를 생성하기 위해 긴 시퀀스 읽기와 장거리 데이터를 사용합니다. 오류가 적은 더 깨끗한 게놈을 통해 과학자들은 새로운 방식으로 종합적인 미묘함을 찾을 수 있습니다. Jarvis는 "우리가 조사한 많은 게놈에는 염색체나 오류가 섞여 있지 않습니다."라고 말합니다. "이전에는 아무도 없었다."

더 많은 유전자가 번역 연구를 촉진하고 포스트 게놈 시대에 과학적 어휘를 가져오기 위해 이러한 종류의 재평가가 필요할 수 있습니다. 예를 들어, 음성 학습에 대한 Jarvis의 연구, SRGAP 및 FOXP2와 관련된 두 개의 유전자 내에 유사한 명명법 문제가 존재하며 Theofanopoulou는 도파민 및 에스트로겐 수용체에 대한 명명 규칙도 수정이 필요할 수 있다고 의심합니다. Jarvis는 "이 논문은 유전자 진화를 기반으로 생물학에서 게놈 명명법을 개정하는 방법에 대한 모델 역할을 합니다."라고 말했습니다.

그러나 그러한 새로운 이름이 유지될 것인지 여부는 여전히 미해결 문제입니다. Jarvis와 Theofanopoulou는 메소토신 연구의 오랜 유산이 옥시토신 또는 바소프레신과 바소토신으로 이름이 바뀌고 묶이는 것을 꺼려하는 연구원들의 반발을 이미 경험하고 있습니다. "우리는 이 유전자들이 유사체라는 것을 알았지만 같은 이름으로 부를 수 없다고 주장하는 몇몇 사람들과 이야기를 나눴습니다."라고 Jarvis는 말합니다. "일부는 '이것이 수십 년 동안 그래왔다'고 주장했습니다."

다른 사람들은 이러한 유전자가 종에 걸쳐 아무리 유전적일지라도 포유류에서 수유를 촉진하고 새와 거북이에서 분명히 다른 역할을 하는 유전자에 대해 같은 이름을 사용하는 것은 부정확하고 아마도 오해의 소지가 있을 것이라고 우려합니다. 자비스는 동의하지 않습니다. "이름은 기능뿐만 아니라 유전적 및 진화적 유사성에 근거해야 합니다."라고 그는 말합니다.

"우리는 이제 이것이 종 전체의 게놈에서 유전자 순서의 동일한 보존 블록에 위치하기 때문에 이들이 동일한 유전자임을 보여줄 수 있습니다."라고 Theofanopoulou는 덧붙입니다. "이러한 호르몬에 대한 유전자가 오늘날의 유전체학 시대에 발견되었다면, 그들은 다른 이름이 아닌 동일한 이름으로 명명되었을 것입니다."


비디오 보기: Isolation and Profiling of MicroRNA Exosomes (이월 2023).